При предоплате от покупателя поставщик начисляет НДС с аванса, а покупатель принимает его к вычету. Потом происходит отгрузка и этот авансовый НДС поставщик ставит на вычет, а покупатель - восстанавливает.
Покупатель и поставщик не обязаны синхронизировать восстановление и вычет НДС по авансам
